A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane
Etoh K, Nakao M
The Journal of biological chemistry · 80 citas
Etiquetas de revisión
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Cómo se estudió
- Diseño
- Metaanálisis (clasificado por nuestro filtro de IA)
- Estudiado en
- Animales
- Resultado principal
- Solo mecanismos
Quién lo pagó
- Financiación
- Financiación independiente
- Gobierno
- Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology
- Universidad u hospital
- Kumamoto University
- Gobierno
- Japan Society for the Promotion of Science
- Subvenciones
- Japan Society for the Promotion of Science (20KK0185); Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (20K16145); Japan Society for the Promotion of Science (20K16145); Japan Society for the Promotion of Science (21H02686)
Según 3 financiadores declarados y la declaración de financiación del texto completo.
Publicación
- Publicado
- 2023-05-10 · J Biol Chem · vol. 299 · número 6 · pág. 104810
- Editorial
- Elsevier BV
- Citado
- 100 citas · más que el 99% de estudios similares · 9.2× el promedio de su campo
- Impacto
- Entre el 10 % más citado de su campo
- Referencias
- 54 trabajos
- Acceso
- Acceso abierto (revista) · CC-BY
- Áreas de investigación
- Genomics, phytochemicals, and oxidative stress · Immune Cell Function and Interaction · RNA regulation and disease
- Palabras clave
- Sulforaphane, Transcriptome, Action (physics), Biology, Computational biology, Chemistry, Cell biology, Genetics, Botany, Gene expression, Gene, Physics
- MeSH
- muscle, skeletal, liver, animals, mice, mice, obese, isothiocyanates, sulfoxides, antioxidants, reproducibility of results, gene expression profiling, organ specificity, internet, software, nf-e2-related factor 2, activating transcription factor 6, unfolded protein response, data visualization, rna-seq
2 autores
- Kan Etoh🇯🇵Kumamoto University
- Mitsuyoshi Nakao🇯🇵 · autor de correspondenciaKumamoto University
Resumen
El texto original del estudio, en el idioma en que se publicó.
RNA sequencing (RNA-seq) is a powerful technique for understanding cellular state and dynamics. However, comprehensive transcriptomic characterization of multiple RNA-seq datasets is laborious without bioinformatics training and skills. To remove the barriers to sequence data analysis in the research community, we have developed "RNAseqChef" (RNA-seq data controller highlighting expression features), a web-based platform of systematic transcriptome analysis that can automatically detect, integrate, and visualize differentially expressed genes and their biological functions. To validate its versatile performance, we examined the pharmacological action of sulforaphane (SFN), a natural isothiocyanate, on various types of cells and mouse tissues using multiple datasets in vitro and in vivo. Notably, SFN treatment upregulated the ATF6-mediated unfolded protein response in the liver and the NRF2-mediated antioxidant response in the skeletal muscle of diet-induced obese mice. In contrast, the commonly downregulated pathways included collagen synthesis and circadian rhythms in the tissues tested. On the server of RNAseqChef, we simply evaluated and visualized all analyzing data and discovered the NRF2-independent action of SFN. Collectively, RNAseqChef provides an easy-to-use open resource that identifies context-dependent transcriptomic features and standardizes data assessment.
Resumen vía Europe PMC. Los derechos de autor siguen siendo de los autores o la editorial (CC BY).
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